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Otras formas de protección (LIC, ZEPA y Reserva de la Biosfera)

El territorio que engloba el Parque goza de otras figuras de protección a nivel europeo e incluso mundial. En este sentido, el 9 de noviembre de 1992, la superficie del Parque fue incluida en la Red Internacional de Reservas de la Biosfera, gracias a la armonía lograda entre el desarrollo de las poblaciones locales y la conservación del medio natural. Los principales intereses para su conservación, según los criterios de las Reservas de la Biosfera, son la presencia de especies amenazadas, la proximidad a un gran núcleo urbano, la existencia de agrosistemas tradicionales y de paisajes singulares representativos.

Respecto a los Lugares de Interés Comunitario de la Red Natura 2000 (LIC), el Parque comparte superficie con hasta tres de ellos. El que presenta mayor superficie dentro del mismo es el LIC ES3110004, denominado Cuenca del río Manzanares, que se compone de tres unidades principales: La ZEPA Monte de El Pardo, el propio Parque, antes de la ampliación de 2003, y los Montes de Utilidad Pública más relevantes de la cabecera del río Manzanares. Un 57% de la superficie de este LIC presenta hábitats de interés europeo, destacando por su importancia los bosques de encinas, las dehesas de encinas y fresnos, las formaciones de Cytisus oromediterraneus y de gramíneas subestépicas. En lo referente a taxones, son importantes las poblaciones faunísticas de tipo forestal (invertebrados, aves y quirópteros), al igual que las comunidades de aves acuáticas invernantes en sus embalses de El Pardo y Santillana. Incluye cerca del 10% de la población española -y mundial- de águila imperial ibérica (Aquila adalberti). Además, otros dos LIC comparten superficie con el Parque, tras la citada ampliación, el LIC 3110002, Cuenca del río Lozoya y Sierra Norte, en las zonas altas de Miraflores de la Sierra y el LIC 3110005, Cuenca del río Guadarrama, en Cercedilla.

El Parque también incluye en su ámbito territorial una Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA), concretamente la ES0000012 denominada Soto de Viñuelas. Esta ZEPA aporta un típico e importante ejemplo de bosque mediterráneo. Presenta un alto interés faunístico de conservación al albergar como nidificantes al águila imperial ibérica y otras rapaces forestales como el aguililla calzada (Hieraaetus pennatus), el milano negro (Milvus migrans) y el milano real (Milvus milvus). El estado de conservación de ésta es notable, debido a que el acceso a la finca está y ha estado restringido al público.

Por último, destacar que hay dos zonas húmedas dentro del Parque que están incluidas en el Catálogo de Embalses y Humedales de la Comunidad de Madrid. Una es el embalse de Santillana, catalogado por su valor faunístico y paisajístico, y la otra las charcas de los Camorchos, en Hoyo de Manzanares, con interés faunístico y botánico.